Дезинфекция террариума производится как в профилактических целях, так и является обязательным мероприятием в случае помещения нового животного, смене самого акватеррариума или болезни/смерти одного из животных. Существуют общие правила по времени проведения дезинфекции и применяемым химическим средствам.

Главное и единое требование – все применяемые средства должны легко вымываться и выветриваться и не впитываться в стенки террариума. Желательно также применять сравнительно безопасные для животных и людей составы. Инвентарь используется тот же, что и для ежедневной уборки. Обработка производится строго индивидуально.

Перед высадкой нового экземпляра отсадник следует мыть 1% раствором хлорамина (монохлорамин), или же использовать для облучения бактерицидную лампу. После каждой обработки посуда промывается, а затем только наполняется новым раствором. Если дезинфекция производится в случае смерти или болезни животного, это требование следует ужесточить. Полная дезинфекция в этом случае производится не реже раза в неделю.

Хорошо применять для санобработки, помимо монохлорамина, 10% хлорный известковый раствор. Они легко выветриваются. Все это продается в хозяйственных магазинах и в аптеках. Важно хорошо промывать после обработки поверхности, не оставляя следов препаратов на стенках. Попадание остатков этих химических веществ может вызвать сильные ожоги у животных.

К довольно мягким дезинфектантам относятся хлоргексидин и виркон-С, который производится специально для подобных целей (обработка оборудования в птицеводстве и животноводстве). Использование этих средств в аквариумистике и в террариумистике  для обработки оборудования тоже зарекомендовало себя прекрасно.