Акватеррариумы примечательны тем, что у них имеется и водная, и островная часть. В специализированных магазинах продают специальные изогнутые поверхности для формирования суши. Обычно на сухой части располагают еще и камни и коряги.

В принципе можно обойтись без насыпания грунта на дно водной части, но такое решение выглядит искусственным и требует дорогостоящей системы фильтрации, например мощного внешнего фильтра. Грунт необходим в аквариумах с внутренними фильтрами воды, поскольку в нем могут размножаться полезные бактерии и микроорганизмы, которые уменьшают содержание нитратов в загрязняющейся воде. Этих бактерий надо размножить перед помещением в акватеррариум мангровых животных.

Идеальным грунтом считают смесь цеолита с коралловой крошкой, чуть похуже смесь гравия из гранита с туфовой крошкой. Следите за тем, чтоб грунт не был слишком мелким, размер частиц должен не быть меньше 3-ех мм. Это нужно для того, чтобы при периодической чистке грунта с помощью сифонирования, частицы оставались на месте, а не уносились с потоками воды, поскольку это затрудняет чистку.

За пару недель до поселения животных следует насыпать грунт в полностью оборудованный аквариум и внести в него культуру бактерий, а также поместить в воду несколько рыбок, чтобы запустить процесс биофильтрации воды.